在对内蒙古自治区的反馈中，中央环保督察组明确表示：“很多地方干部没有认识到绿水青山就是财富，一些地区生态破坏情况令人心痛。”督察反馈指出，内蒙古自治区半数盟市党委常委会很少专题研究环境保护，有的甚至一年间没有研究环境保护问题。而对河南的反馈结果中也指出，河南省不少干部存在诸如短期内牺牲环境换取增长不可避免、大气污染严重主要受外部条件影响等认识上的错误和偏差。由于认识存在误区，导致环保工作压力传导不够到位，推进落实不够有力。以油品供应为例，2015年河南供应柴油中超过75%为普通柴油，导致大量达不到国四标准的普通柴油作为车用柴油使用，全省油气回收治理工作完成时限一拖再拖，截至督察时仍有近半任务没有完成。
空气质量亦是此次环保督察关注的重点。河南省的郑州市、濮阳市、新乡市，黑龙江省的哈尔滨市，宁夏的银川市、石嘴山市，内蒙古的呼伦贝尔市，江苏省的徐州市均因大气污染状况被“点名”。反馈指出，郑州空气质量在全国74个重点城市排名中，从2013年倒数第十位一路下滑到2016年上半年倒数第三位。而宁夏2014年、2015年PM10年均浓度分别比2013年增长20.6%和21.8%，连续两年未完成国家大气考核任务。
自然保护区环境破坏的问题在多个省份也有明显表现。例如黄河湿地保护区三门峡段有多家企业无序开采，盐城国家级珍禽自然保护区内违法进行多种开发活动，鄂尔多斯遗鸥国家级自然保护区生态功能基本丧失。
此外，督察反馈指出，在应对环境保护督察方面，部分地区例如河南商丘市有关基层单位采取简单粗放做法，产生了不良社会影响。此前有媒体报道，在中央环保督察组进驻河南期间，商丘市城管部门曾下发通知，要求市内所有大排档、烧烤店等饭馆全部关门，让“吃饭成了商丘市民的一大难题”，引发店主及市民不满。
